התכנית לתואר שני (MA) בניהול מערכות חינוך למשרתי מערכת הביטחון מיועדת לטפח תודעה חברתית ואחריות קהילתית ולהכשיר עתודת מנהיגות מובילה בתחומי החינוך. התכנית מקנה ידע והתנסות בתחום הארגון, הניהול ומשאבי אנוש, תוך התמקדות במערכות חינוך פורמאליות ובלתי פורמאליות. מסגרת הלימודים מאפשרת לסטודנטים להתמחות בנושאים הקשורים למנהיגות חינוכית, משאבי אנוש, חדשנות ויזמות בחינוך, שינוי, הערכה ועוד. בנוסף לבסיס התיאורטי, ירכשו התלמידים כישורים ומיומנויות ניהוליות, מיומנויות של עבודת צוות והתנסות מודרכת בבתי הספר על ידי מנהלים ממגוון מערכות חינוך בישראל.